Dalam penerbangan tersebut, pesawatnya tengah membawa 361 penumpang dan 19 awak kabin dengan rute Mumbai menuju New York. Penerbangan pun sempat transit di Karachi sebelum tiba di Frankfurt dan New York.
Namun seketika, ketika transit, muncul 4 orang teroris bersenjata yang masuk ke kabin pesawat Boeing 747 sembari menembakkan peluru ke udara.
Kelompok teroris itu datang dari kelompok The Abu Nidal Organisation (ANO). Insting Neerja pun mengatakan ada hal yang tak beres. Di satu sisi, 3 orang di kokpit tengah berhasil menyelamatkan diri. Akhirnya, pesawat pun tak bisa terbang ke lokasi tujuan teroris yaitu Siprus.
Para teroris pun menyandera seluruh orang yang ada di dalam pesawat. Mereka menargetkan orang-orang yang berpaspor Amerika Serikat. Dan saat itulah, Neerja dan pramugari lainnya menyembunyikan paspor 41 warga AS di bawah kursi dan sebagian dibuang ke tempat sampah.
Neerja bersama rekannya diam-diam meninggalkan pesan dari robekan lembar majalah untuk penumpang yang duduk di dekat pintu darurat untuk membukakan pintu tersebut. Ia pun membantu mereka membuka pintu dan mengembangkan perosotan darurat. Sedangkan penumpang lainnya berhasil membuka pintu dan keluar dari pesawat.
Sebagian yang lain pun juga berhasil menyelamatkan diri hingga mencapai 358 penumpang. Namun sisanya, tak berhasil selamat termasuk Neerja sendiri.
Ia kehilangan nyawanya saat berusaha menyelamatkan penumpang lain termasuk anak-anak. Tubuhnya pun menjadi perisai hidup ketika peluru ditembakkan oleh teroris.
Padahal, saat itu ia bisa saja kabur dari pesawat. Tetapi, ia memilih bertahan karena tak semua penumpang berhasil keluar. Totalnya, ada 22 korban yang tewas dalam insiden tersebut. Uniknya lagi, seorang bocah perempuan yang diselamatkan Neerja di kemudia hari menjadi pilot dan menjadikan Neerja sebagai sosok yang menginspirasinya.
Nama Neerja dipandang sebagai pahlawan India, Pakistan dan Amerika Serikat. Selain itu, kisah perempuan yang berusia 22 tahun saat kejadian itu juga diabadikan dalam sebuah film berjudul ‘Neerj’.