Pratiwi kemudian mendapatkan gelar PH.D., dari Universitas Osaka, Jepang. Kemudian menjalani karirnya sebagai peneliti molekuler Salmonella typhi. Dalam jangka waktu 6 tahun, beliau menjabat sebagai Ketua Departemen Mikrobiologi Fakultas Medis Universitas Indonesia.
Gagalnya misi tidak membuat beliau patah arang. Justru memicu produktivitasnya pada aktivitas penelitian.