Saat membuka pesantren khusus waria ini, ada saja halangan dan tantangannya. Misalnya karena pesantren berada di rumah dalam pemukiman, membuat banyak warga sekitar memberikan penolakan karena tidak setuju dengan berdirinya pesantren khusus waria tersebut.
Memang pada 2016 pesantren khusus Waria ini sampat ditutup untuk sementara karena dianggap tak berizin dan bertentangan dengan ajaran Islam.Namun beberapa tahun kemudian, pesantren ini bisa kembali beroperasi sampai sekarang.