Para biarawan yang iri, dengki, dan gelap mata ini kemudian mengeluarkan organ-organ tubuhnya. Tulang-belulangnya pun dikeluarkan. Semua bagian tubuh Hypatia akhirnya dibakar di atas api unggun sambil disaksikan dengan mata penuh kebencian.
Fernando Baez, penulis buku tentang Hypatia mengatakan bahwa orang-orang yang membenci dan membunuh Hypatia secara keji itu hanya ingin memusnahkan semua yang dilambangkan oleh Hypatia.
Hingga kini, Hypatia dikenal sebagai sosok perempuan yang terpelajar, emansipatif, inspiratif, dan berani. Namanya abadi sebagai seorang yang mengabdikan diri untuk ilmu pengetahuan di dunia.