Semasa hidupnya, Hypatia telah melakukan banyak penelitian ilmiah. Dia telah menghasilkan karya mulai dari "Tanggapan atas Aritmatika Diofantus" dan "Tanggapan atas Konik Apollonius".
Hypatia juga menulis sebuah edisi dari buku ketiga naskah yang ditulis ayahnya untuk menjelaskan Almagest Ptolomeus.
Tapi sayangnya, cuma sedikit dari tulisan-tulisan itu yang masih ada. Soalnya, karya-karya yang ditulis Hypatia telah dimusnahkan oleh orang-orang yang iri dengan kecerdasan perempuan ini.
Perempuan cerdas ini juga membuka kelas-kelas untuk satu kelompok murid pemula. Dia mengajarkan ajaran Neoplatonisme, karena cara berpikir Hypatia emang dipengaruhi filsuf Plato dan Plotinus dari Yunani Kuno. Kelas-kelasnya juga kembali membuka pelajaran geometri.
Beberapa literatur yang mengisahkan Hypatia menyebutkan bahwa orang-orang sampe memohon-mohon untuk bisa hadir di kelas Hypatia. Hal ini tentu saja membuat banyak orang iri pada Hypatia. Termasuk biarawan-biarawan fanatik jaman itu.
Semua ini kemudian berubah jadi mengerikan pada musim panas tahun 415 Masehi. Segerombolan massa yang terdiri dari biarawan fanatik menangkap Hypatia saat sedang memberi kuliah.
Penangkapan perempuan cerdas asal Alexandria itu dipimpin oleh Petrus, murid uskup Alexandria yang disegani bernama Sirilius.
Dalam penangkapan itu, Hypatia mendapat tuduhan seorang penyihir. Hypatia sempat melawan dan berteriak. Namun sayang, gak ada satu orang yang berani menolongnya.
Biarawan Alexandria yang iri padanya itu kemudian menyeretnya ke Gereja Cessario. Hypatia pun langsung dipukulin pake genteng. Bahkan disiksa dengan siksaan yang paling keji!
Biji mata Hypatia dicongkel, lidahnya pun dipoting. Setelah disiksa hingga mati, penyiksaan masih terus berlanjut. Jenazah perempuan cerdas ini diseret ke Cinarus dan dimutilasi.