Namun seiring berjalannya waktu, Rafael pun memilih agama yang dia yakini. Bukan Islam atau Budha, Rafael memilih agama Kristen Protestan. Tentu orangtua Rafael tidak mempermasalahan agama yang dipilih oleh anak mereka. Meskipun pada saat Rafael remaja, orangtuanya bercerai dan membuat Rafael marah dengan Tuhan.
Rafael Tan pun menjalani agama yang dipilih dengan sepenuh hati. Perbedaan dalam keluarganya tidak dijadikan halangan. Toleransi dalam keluarga Rafael sangat berjalan dengan baik sampai sekarang. Tentu kisah hidup Rafael bisa mendatangkan inspirasi bagi orang lain yang beda keyakinan dengan orangtua atau anaknya