Bergerak cepat, operasi penumpasan tragedi G30S/PKI pun segera dicanangkan keesokan harinya, 1 Oktober 1965. Panglima Kostrad yang dibantu oleh pasukan lain seperti, Divisi Siliwangi, Kavaleri, Resimen Para Komando Angkatan Darat (RPKAD) dengan dipimpin langsung oleh Kolonel Sarwo Edhi Wibowo segera memburu seluruh pimpinan PKI, termasuk ketua partai D.N, Aidit. Tak hanya para pimpinan saja, kejadian itu menjadi hilir lintasan sejarah penumpasan seluruh orang yang terbukti berafiliasi dengan PKI.
Tragedi tersebut berhasil menumbangkan kekuatan PKI di Indonesia. Bahkan, hingga hari ini, dampak peristiwa G30S/PKI pun membuat komunisme menjadi paham yang sangat diharamkan untuk dibahas dan dipelajari di Indonesia.