Para ilmuwan hingga saat ini masih mencari tahu penyebab pasti dari badai sitokin. Beberapa penyebab yang saat ini diketahui adalah faktor genetik, infeksi dan autoimun. Selain itu, badai sitokin juga dapat terjadi sebagai efek samping terapi medis atau situasi medis, seperti transplantasi organ, kanker, AIDS, dll.