Kemudian, dia digantikan Kolonel Bambang Utoyo yang sebenernya ditolak sebagian besar perwira TNI AD. Menteri Pertahanan Sultan Hamengkubuwono IX saat itu juga mengundurkan diri dari posisi menteri pertahanan. Angkatan Darat lalu terbagi jadi dua yaitu, kubu pro-17 Oktober dan kubu kontra-17 Oktober.
Bahkan, konon sampai ada perwira yang bunuh diri karena permasalahan ini. Tapi di tahun 1955, akhirnya Soekarno memanggil lagi Nasution untuk menduduki posisi Kasad. Lalu konflik berkepanjangan di tubuh TNI AD ini berakhir.