Ketika kecelakaan MD-82 Lion Air bernomor penerbangan JT 538 terjadi, landasan pacu tergenang air. Dikenal dengan istilah hydroplanning. MD-82 Lion Air bernomor penerbangan JT 538 tergelincir dan tidak dapat dikendalikan. Pesawat mengalami overshoot atau overrun hingga meluncur keluar landasan.
Saat pendaratan MD-82 Lion Air bernomor penerbangan JT 538 ada pusaran angin di belakang pesawat yang juga menjadi faktor lain kecelakaan. Dari penelusuran tersebut, KNKT merekomendasikan review prosedur pengoperasian pesawat pada saat mendarat dalam kondisi hujan, review pengawasan maintenance, dan peninjauan kembali kelayakan pesawat MD-82.