Kampus Universitas Muhammadiyah Maumere menerima beasiswa lewat jalur Kartu Indonesia Pintar atau KIP reguler dan ada beasiswa LAZISMU dari Lembaga Amil Zakat Muhammadiyah.
Saat ini memang para orangtua dan mahasiswa Universitas Negeri kecewa dengan kenaikan UKT atau uang semester yang sangat memberatkan. Sejumlah pihak berusaha agar Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi untuk menunda terkait kenaikan UKT.