Zainuddin MZ meninggal dalam perjalanan menuju Rumah Sakit Pusat Pertamina akibat serangan jantung. Dia juga memiliki penyakit lain diabetes. Zainuddin meninggal setelah sarapan bersama keluarga di rumahnya di kawasan Kebayoran Baru, Jakarta Selatan.
Proses pemakaman Zainuddin dihadiri banyak pelayat. Jenazahnya dimakamkan di area Masjid Fajrul Islam. Masjid ini dibangun oleh Zainuddin. Pada momen-momen tertentu, makam Zainuddin dipenuhi para peziarah yang datang.
Setelah Zainuddin pergi, akhirnya perjuangannya sebagai pendakwah dilanjutkan oleh anak pertamanya. Fikri Haikal MZ. Fikri langsung menyiapkan diri menjadi ustaz sepeninggal sang ayah. Fikri kini sudah sering berdakwah dengan gaya yang sedikit mirip dengan Zainuddin. Tak hanya Fikri, anak Zainuddin, Muhammad Syauqi MZ juga menekuni menjadi pendakwah.