Akan tetapi, titik krisis kehalalan natto juga perlu diwaspadai. Salah satunya berkaitan dengan media yang digunakan untuk menumbuhkan bakteri Bacillus dalam proses pembuatan natto. Secara tradisional, bakteri diambil dari sisa produksi sebelumnya yang bisa saja menggunakan media mikrobiologi.
Titik kritis media mikrobiologi terletak pada sumber nitrogen, yang bisa berasal dari ekstrak daging, pepton hidrolisis daging, dan bahan lainnya. Nah, asal daging inilah yang perlu ditelusuri. Apakah daging tersebut berasal dari hewan halal yang disembelih sesuai dengan syariah Islam.
Selain itu, titik krisis berikutnya ada pada bumbu pelengkap natto. Bumbu kecap asin dan mustard yang digunakan bisa mengandung bahan non halal, seperti ada kandungan minuman keras atau kaldu daging yang tidak jelas kehalalannya.
Seperti diketahui, untuk orang Jepang merupakan hal lumrah memakai campuran masakan dengan bahan mengandung khamr seperti sake dan mirin. Jadi disarankan untuk konsumen Muslim untuk selalu memastikan kehalalan produk yang dikonsumsinya.