Gus Dur masuk ke gereja juga bukan tanpa pertimbangan. Walaupun tahu orang se-Indonesia akan melontarkan kritik jika mengetahui hal ini, namun Gus Dur menilai tujuannya jauh lebih penting. Orang-orang Islam yang ada di gereja juga punya hak untuk mendapat pencerahan.
"Lah, kalau nggak ada yang berani datang ke sana (gereja), semua takut fitnah, semua takut dibilang 'apa kata dunia?' semua orang takut seperti itu. Terus nggak ada yang berani menasihati agar satpam itu tetap Islam," katanya.
"Kalau nggak ada yang berani dakwah terus orang-orang itu masuk Kristen beneran, hayo? Berarti ustaz-ustaz keras yang tukang kritik itu harus ikut tanggung jawab," pungkas Gus Dur, sebagaimana dituturkan oleh KH Marzuqi Mustamar.